吉日河的诞生要追溯到距今约12000年前的末次冰期结束阶段,当时覆盖青藏高原东部边缘的冰川开始大规模消融，融水顺着地势低洼的沟谷不断汇聚，逐渐形成了这条蜿蜒的河流，最初的吉日河只是一条季节性的溪流，仅在夏季融水期才有稳定水流，后来随着周边山地植被的逐渐恢复，水土流失减少，河床慢慢固定，才变成了常年有水的内河。
它的河道走向并非一成不变，在历史上曾多次发生小规模改道，最近一次有明确记载的改道是在清光绪二十三年，当时上游的山体滑坡堵塞了原有河道，迫使河水向北偏移了约1.2公里，形成了现在大家看到的河湾形态。
吉日河沿岸的人类活动最早可以追溯到新石器时代,距今约5000年左右，当时的古羌人部落就已在河畔定居，依靠河流的水源灌溉农田、饲养牲畜，考古人员曾在吉日河下游的台地上发现过石斧、陶罐等遗物，这些物品的形制与黄河上游的马家窑文化遗存高度相似，说明当时的古人类已经和周边区域有了密切的交流。
到了唐代，吉日河成为了吐蕃与中原王朝往来的重要通道之一，沿线的渡口曾有商队停留，运送茶叶、丝绸等货物，河畔还曾建起过一座小型的驿站，专门为过往的使者和商人提供补给。
进入21世纪后,当地政府开始重视吉日河的生态保护，先后在沿岸划定了20多平方公里的湿地保护区，禁止在河道附近进行非法采砂和乱砍滥伐，还在河流上游修建了小型的拦水坝，既可以调节下游的灌溉用水，也能为周边村镇提供稳定的生活水源。
如今的吉日河不仅是当地农业生产的重要依托，也成了附近居民休闲的好去处，每到周末，不少人会沿着河畔的步道散步，或者在浅水区钓鱼，享受这里的清新空气。
如果想要了解吉日河的更多历史细节，可以前往当地的民俗博物馆，那里收藏了不少关于这条河流的老照片和口述史资料，也可以咨询长期居住在河畔的老人，他们能讲出很多代代相传的关于吉日河的故事。